POSTE : Ingénieur de Recherche Bioinformatique - CDI de Projet 3 H/F DESCRIPTION : L'Institut Pasteur conduit des recherches biomédicales de pointe et avant-gardistes depuis plus de 130 ans. Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur. Le groupe Génomique Fonctionnelle Comparative s'intéresse aux mécanismes moléculaires qui permettent l'apparition de nouveautés évolutives chez les vertébrés par des changements dans leur séquence génétique, ou dans l'expression et la régulation de ces gènes. Notre modèle principal est l'évolution de la menstruation, un trait reproductif apparu relativement récemment dans l'histoire évolutive des primates, et que nous étudions en comparant des échantillons de tissus utérins de différents primates par une approche combinant analyses transcriptomiques et épigénomiques en cellules uniques, et analyses bioinformatiques. Nous développons également des méthodes computationnelles pour modéliser les changements dans l'expression et la régulation des gènes au cours du temps, et des modèles cellulaires en culture pour tester les conséquences moléculaires de changements évolutifs dans la fonction des gènes. Missions : Projet : Evolution fonctionnelle de la muqueuse utérine chez les mammifères (EVUTERO) Le projet EVUTERO a pour objectif de caractériser le fonctionnement moléculaire des cellules de la muqueuse utérine chez les mammifères. Chez l'humain, la muqueuse utérine se prépare cycliquement à la grossesse et se différencie en cellules du placenta (décidualisation), se désagrège (menstruation) et se régénère sous l'influence des hormones sexuelles. Les voies cellulaires qui orchestrent ces processus restent mal comprises, bien qu'elles soient essentielles au succès reproductif et fréquemment impliquées dans diverses pathologies. L'évolution a modifié de manière répétée la décidualisation et le remodelage utérin chez les mammifères, et les transitions cellulaires clés observées chez l'humain sont apparues indépendamment à plusieurs reprises au cours de l'évolution des mammifères. Ces variations phénotypiques naturelles offrent des opportunités uniques pour élucider, par une approche comparative, les mécanismes de la décidualisation et de la menstruation. Dans ce projet, nous proposons d'identifier les mécanismes moléculaires et génétiques qui contrôlent, mettent en oeuvre et coordonnent ces transitions fonctionnelles cruciales de la muqueuse utérine, ainsi que la manière dont ces mécanismes ont émergé au cours de l'évolution des mammifères placentaires. PROFIL : Profil Compétences essentielles : - Très bonne maîtrise de R et des environnements de calcul haute performance (HPC) - Maîtrise des outils d'analyse de données NGS (transcriptomique, épigénomique), en particulier en single-cell - Connaissance des outils statistiques adaptés aux données de grandes dimensions (analyses multivariées, modélisation, clustering, etc) - Connaissance des méthodes d'analyse phylogénétique et de génomique évolutive et comparative Compétences appréciées : - Expérience en conduite de projet de recherche - Connaissances de Python Vos conditions et environnement de travail : - L'Institut Pasteur s'engage à offrir un environnement de travail inclusif et respectueux. Nous accueillons toutes les candidatures répondant aux critères du poste, en valorisant la diversité sous toutes ses formes et les parcours variés. - Politique de congés et RTT très favorable (Forfait 204 jours) - Possibilité de télétravail - Forfait mobilité douce ou remboursement de 75% des titres de transport - Cantine d'entreprise, restaurants, cafétérias - Mutuelle familiale (gratuité conjoints/enfants) et service de santé pour les collaborateurs sur le campus - Salles de sports, 30 activités culturelles/artistiques/sportives sur le campus - Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées - Environnement multiculturel (plus de 75 nationalités sur le campus)