Mission : L'Assistant.e Ingénieur.e sera responsable de la production et l'analyse de séquences longues pour l'ANR BalanSE sur l'espèce mouche du varech (Coelopa frigida). Sa mission principale sera d'extraire de l'ADN génomique de haut poids moléculaire et de valider la qualité avant envoi pour séquençage. Puis, au retour des séquences, l'AI sera responsable du traitement des séquences idéalement jusqu'à constitution d'assemblage de novo et/ou d'une base de données des variations structurales. Il/elle sera amené.e à appliquer, optimiser et transmettre des protocoles expérimentaux de traitement de l'ADN de haut poids moléculaire et à utiliser et optimiser des pipelines de traitements des séquences longues et variants structuraux. Activités : - Gestion et organisation des échantillons. Tenue d'une base de données. - Préparation d'ADN génomique de haut poids moléculaire. Optimisation du protocole. - Contrôle qualité et contact avec les plateformes de séquençage - Analyses de séquences longues (contrôle qualité, mapping, etc) - Elaboration d'une base de données de variations structurales (utilisant les lectures longues et/ou un assemblage de génome) - Transmission des compétences aux étudiant.e.s stagiaires et doctorant.e.s