Mission : La personne recrutée aura pour mission de concevoir, organiser et réaliser des outils d'analyse de données issues de séquençage haut débit (NGS). Activités : Notre laboratoire étudie l'organisation de l'architecture chromatinienne en différents domaines et territoires chromosomiques et la fonction de cette organisation dans la régulation de l'expression des gènes. Pour atteindre cet objectif, nous utilisons une variété d'approches et de techniques complémentaires dans les domaines de la biologie moléculaire, cellulaire et de développement, de la génomique et de la bioinformatique. Le projet nécessitera de : - Mettre en œuvre des pipelines pour l'analyse de données NGS, y compris RNA-seq, ChIP-seq, Cut&Run, Hi-C et micro-C. allant de données brutes aux analyses de base, par exemple « peak-calling » et l'analyse d'expression génique différentielle avec les options permettant aux utilisateurs de tester les paramètres. - Concevoir, développer ou adapter les pipelines d'analyses bio-informatiques et statistiques des données NGS. - Préparer de la documentation et des tutoriels pour les non-experts. - Rédiger et mettre à jour la documentation fonctionnelle et technique. - Mettre en œuvre un protocole de gestion des données pour assurer la reproductibilité, la traçabilité et le partage des données générées et du code. - Assurer le transfert des outils mis en œuvre vers les utilisateurs de l'équipe, obtenir des retours et implémenter des corrections ou des améliorations selon les interactions avec les utilisateurs. - Assurer une veille technologique, le suivi et l'évolution des pipelines et outils mis en place.