Mission : La mission consistera à analyser des données métagénomiques (shotgun) à l'aide de divers outils bioinformatiques. À l'aide de notre cluster de calcul, la personne recrutée réalisera des analyses bioinformatiques afin d'identifier, de caractériser et de quantifier : (i) les communautés microbiennes, et (ii) les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) au niveau des lectures de séquençage, des assemblages et des génomes reconstitués (MAGs). À partir de ces analyses, la personne recrutée devra détecter et semi-quantifier les bactéries pathogènes et les ARG et devra relier ces résultats à des facteurs environnementaux et les analyser statistiquement. Activités : identifier, caractériser et quantifier : - les communautés microbiennes, - les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) au niveau des lectures de séquençage, des assemblages et des génomes reconstitués (MAGs).