Descriptif du poste: Activités principales : Le laboratoire d'océanologie et de géosciences (CNRS UMR 8187, Université du Littoral Côte d'Opale, Université de Lille, IRD) propose un poste d'ingénieur(e) de recherche de 12 mois dans le cadre du projet CPER-IDEAL. La mission principale sera la gestion du plateau séquençage de nouvelle génération. La personne recrutée travaillera en collaboration avec les partenaires scientifiques du projet CPER IDEAL. Elle devra développer et appliquer des méthodes de biologie moléculaire / séquençage de nouvelle génération, des expérimentations au laboratoire et analyser les résultats dans une démarche de qualité. La personne recrutée devra valoriser les résultats sous forme de rapports, de publications et de communications scientifiques. Enfin, l'ingénieur(e) de recherche assurera une veille bibliographique et participera au montage de projet pour la recherche de financement.   * Développer des protocoles standardisés pour l'utilisation en routine des instruments de pointes mise en place au sein des plateformes technologiques, et en particulier de séquençage de nouvelle génération (e.g. séquenceur Oxford Nanopore ? Minion) * Apporter un soutien technique et théorique sur les aspects de biologie moléculaire nécessaires à la bonne réalisation expérimentale des projets scientifiques * Conseiller et apporter des solutions techniques pour permettre de lever les verrous méthodologiques en analyses moléculaires * Analyser les échantillons (extraction d'acides nucléiques, clonage/séquençage, préparation de librairie d'ADN ?) dans le cadre des projets scientifiques, de suivi des écosystèmes et/ou de collaboration scientifiques * Mettre en place et utiliser des outils bioinformatiques pour analyser, interpréter et valider les résultats * Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques via des publications, des protocoles et des rapports techniques * Former, en interne et en externe, aux technologies de pointes (biologie moléculaire, séquençage de nouvelle génération) et encadrer les utilisateurs * Assurer une veille scientifique pour faire évoluer les pratiques et les protocoles selon les dernières normes et développements technologiques * Participer à la rédaction/montage de dossiers dans le cadre des demandes de financement * Participer ponctuellement à des campagnes de terrain (prélèvements et mesures in situ ...). * Gérer le planning d'utilisation des appareils et veiller à l'application des règles d'hygiène et de sécurité Profil recherché: Diplôme exigé : Doctorat en Microbiologie ou en Biologie moléculaire Connaissance, savoir : * Maîtrise théorique et pratique de la biologie moléculaire (connaissance des méthodologies de séquençage classique et à haut débit : préparation de librairie, métabarcoding, métagénomique, metatranscriptomique, séquençage Oxford Nanopore...) et de la microbiologie * Maîtrise théorique et pratique des approches d'ADN environnemental (eDNA) appliquées à l'étude de la diversité des bactéries, du phytoplancton, des poissons et du microbiote d'organisme hôte * Développement de nouveau protocole d'extraction d'acides nucléique à partir d'une variété de matrice/organismes différents, être capable d'identifier différents marqueurs génétiques et d'en designer les primers * Bioinformatique : connaissance appliquée dans l'analyse des données de séquençage à haut débit (métabarcoding, métatranscriptomique). * Compétences en dissection d'organismes marins et extraction ADN de leurs microbiotes (moules, copépodes) * Pratique courante de la Langue anglaise Savoir-faire : * Concevoir, adapter et mettre en oeuvre les dispositifs expérimentaux adaptés aux contraintes de la recherche en biologie moléculaire * Développer, par la veille et l'expérimentation, sa propre expertise scientifique et technologique dans son domaine * Utiliser les logiciels bioinformatiques spécifiques à l'activité * Rédiger des publications et rapport scientifiques s'appuyant sur la bibliographie, les matériels utilisés et les méthodes mises en oeuvre Savoir être : * Capacité de raisonnement analytique * Sens de l'organisation * Sens relationnel * Capacité à la rédaction scientifique en Anglais