Dans un contexte de Transition Ecologique et Alimentaire, avec l'évolution des modes de consommation, la question de la durabilité des systèmes alimentaires est devenue un enjeu majeur et prioritaire au Nord comme au Sud. De plus, une transformation des marchés nationaux et internationaux s'opère dans un contexte de changement climatique, et s'accompagne de nouveaux risques sanitaires "émergents" associés aux aliments. Il est devenu nécessaire de développer une approche intégrée de diagnostic et de maîtrise des risques sanitaires, à l'aide d'outils et d'approches adaptées aux contextes de production dans les pays du Sud. Dans l'UMR Qualisud (https://umr-qualisud.cirad.fr/), l'équipe COMYCS (COmmunautés microbiennes, MYcotoxines et Sûreté des aliments) a développé une expertise sur la contamination fongique et le risque lié aux mycotoxines dans les filières agroalimentaires des Pays du Sud (café, cacao, céréales, légumineuses, fruits). Afin de compléter son expertise acquise en sûreté des aliments du Sud, l'équipe souhaite renforcer ses compétences et travaux de recherche sur les risques bactériens. Le/la chercheur.e recruté.e devra développer des travaux de recherche sur l'évaluation des risques sanitaires (microbiens) liés à i) de nouvelles pratiques agronomiques, telles que l'utilisation de nouvelles variétés, l'évolution des conditions de production (aléas climatiques et changement des pratiques agricoles), ii) aux itinéraires post-récolte (conservation, transformation, conditionnement, transport) pratiquées dans les pays du Sud. Pour développer ses recherches, le.la candidat.e s'appuiera sur les acquis méthodologiques et les compétences scientifiques de l'équipe COMYCS en termes d'expertise sanitaire dans les filières agroalimentaires au Sud ainsi que sur les outils d'analyse microbiologiques. Une première question de recherche sera d'étudier les relations entre le microbiote de l'aliment et sa qualité sanitaire, pour identifier les facteurs déterminants. De plus, les travaux devront porter sur l'identification d'indicateurs (profils ou biomarqueurs) microbiens, qui serviront de base à la création d'outils de détection rapides et peu coûteux (de type low tech) déployables sur le terrain chez les partenaires du Sud. Ces travaux devront concerner les différentes matrices alimentaires étudiées dans l'unité Qualisud. Ces indicateurs devront permettre une analyse de la qualité sanitaire de la récolte jusqu'aux produits finis. Une des finalités attendues est la recherche et l'identification de solutions utilisables pour le biocontrôle ou la biopréservation des productions agroalimentaire et/ou de pratiques capables de préserver ou moduler positivement la qualité sanitaire des aliments. Profil souhaité Diplômes et Expérience : - Bac+8 : Doctorat et post-doctorat avec une expérience en Microbiologie alimentaire et sécurité sanitaire des aliments - Une expérience en montage et coordination de projet scientifique et un séjour à l'étranger seraient un plus Compétences requises : Scientifiques : - Maitrise et expérience avérée de la Microbiologie (notamment bactériologie) - Connaissances de la Sécurité sanitaire des aliments (HACCP) - Expérience et maitrise des outils de Biologie Moléculaire appliquées aux microorganismes Managériales : - Capacité de montage et gestion de projets de recherche - Expérience avérée d'encadrement (niveau master/thèse) - Expérience avérée du travail en équipe et aptitude pédagogique à partager des connaissances Savoir-Etre : - Capacité et goût pour le travail interdisciplinaire et en collaboration avec des équipes des pays du Sud Langues /Communication : - Bonne maîtrise de la langue anglaise (oral et écrit) - Bonnes capacités de communication orale et écrite (publication scientifique en leadership)