Présentation de la structure : Vous travaillerez au sein du laboratoire TIMC (Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité), une unité mixte de recherche (CNRS, UGA, G-INP, VetAgro Sup) regroupant près de 300 membres, dont 70 doctorants répartis en 10 équipes. Le laboratoire TIMC porte des projets novateurs en plaçant la recherche translationnelle au cœur de ses activités, grâce à une collaboration étroite avec le CHU de Grenoble. Acteur clé de l'innovation, le laboratoire répond aux besoins de la société et valorise ses travaux de recherche par la création de start-ups. TIMC offre un environnement interdisciplinaire stimulant où cliniciens et chercheurs collaborent autour de l'utilisation de l'informatique et des mathématiques appliquées dans le domaine de la biologie et de la santé. Vous évoluerez dans un milieu professionnel enrichissant, collaboratif et bienveillant, bénéficiant d'un accompagnement personnalisé tout au long de votre parcours. Engagé en faveur de l'égalité et de la diversité, le laboratoire est situé sur le campus santé du CHU de Grenoble, offrant un cadre scientifique stimulant et une qualité de vie agréable au cœur des montagnes. Missions principales : Sous la responsabilité des responsables du groupe de biologie computationnelle (compBio@TrEE) Nelle Varoquaux et Sophie Abby, et sous la direction du responsable d'équipe Fabien Pierrel, vous intégrerez l'équipe interdisciplinaire TrEE qui regroupe des biochimistes, microbiologistes moléculaires, généticiens, biostatisticiens et bioinformaticiens autour de l'évolution microbienne. Vous travaillerez en lien direct avec les membres de l'équipe et du groupe compBio@TrEE, actuellement composé de deux chercheuses, six doctorants, une post-doctorante et un ingénieur en bioinformatique. Activités principales : - Développer des outils d'annotation de voies métaboliques de la bioénergétique dans des génomes procaryotes en intégrant la génomique comparative et des outils de recherche de similarité de structure et de séquence. - Proposer des prédictions pour compléter des voies de biosynthèse pouvant mener à des validations expérimentales au sein de l'équipe et en collaboration. - Investiguer l'évolution du métabolisme énergétique bactérien et archéen par des approches de phylogénomique. - Collecter les séquences de référence pour les voies métaboliques à annoter à partir de la littérature et auprès des collaborateurs. - Créer et valider une stratégie d'annotation de ces voies métaboliques dans les génomes issus de bases de données publiques et privées. - Élaborer une stratégie visant à suggérer des enzymes candidates pour la complétion de voies de biosynthèse d'intérêt (notamment la production de quinones isoprénoïdes). - Construire des arbres phylogénétiques pour les clades bactériens et archéens ainsi que pour les voies métaboliques d'intérêt. - Cartographier (mapper) les résultats d'annotation sur ces arbres afin de les interpréter et d'élaborer des scénarios évolutifs. - Communiquer l'avancée du projet et les résultats obtenus par le biais de présentations orales ou d'affiches (réunions internes et conférences) et rédiger des articles scientifiques. Expérience professionnelle souhaitée : 2 à 5 ans. Formation / Diplôme souhaité : Doctorat en bioinformatique ou en microbiologie évolutive Compétences complémentaires demandées : - Solide formation et maîtrise en bioinformatique et en analyse de séquences. - Compétences avérées en annotation des génomes et du métabolisme. - Maîtrise de la phylogénétique et de la génomique comparative. - Compétences en programmation avec le langage Python et en scripting bash/shell. - Maîtrise de l'environnement Linux, d'un serveur de calcul informatique et des outils de gestion de version (Git, GitHub, GitLab). - Solides connaissances sur le métabolisme procaryote et compétences en génomique évolutive