Description : Contrat de vacation de 2 mois non renouvelable Structure Délégation Régionale Inserm Nouvelle-Aquitaine - Unité 1092 dirigée par Madame Marie-Cécile PLOY A PROPOS DE LA STRUCTURE  L’ UMR 1092 "Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques » : RESINFIT existe depuis 2012. La thématique de recherche est la résistance aux anti-microbiens, antibiotiques et antiviraux avec un dimension One Health. MISSION PRINCIPALE  Notre laboratoire s’intéresse à la résistance bactérienne et notre modèle de travail est l’intégron de résistance aux antibiotiques. Les intégrons de résistance (IR) sont des éléments génétiques capables de capturer et exprimer des gènes de résistance contenus dans des « cassettes de gène ». Les IR sont fortement associés aux bactéries multi-résistantes. L’expression des cassettes de gènes dépend d’un promoteur Pc dont il existe plusieurs variants de force variable. Le Pc dit « faible » serait le variant à partir duquel les autres variants auraient évolué. Nous réalisons une expérience d’évolution dirigée en condition de culture planctonique et biofilm, en absence ou présence de concentrations sub-inhibitrices d’antibiotiques afin de déterminer si le mode de vie bactérien ou le stress antibiotique peut influencer le trajet évolutif. Les populations évoluées seront ensuite analysées par séquençage NGS long read et caractérisées phénotypiquement. Les missions principales du candidat seront de finaliser la caractérisation génomique et phénotypique des populations évoluées et de clones isolés de ces populations.   ACTIVITÉS PRINCIPALES   - Analyses de données de séquençage NGS - Mise en forme des résultats sous forme de figures, tableaux - Cultures bactériennes en biofilm - Détermination de CMI et CMIB - Test adhésion et de formation de biofilm - Courbe de croissance   SPÉCIFICITÉ ET ENVIRONNEMENT DU POSTE    Vacation de 2 mois (période estivale)           Profil recherché : CONNAISSANCES  Le, la candidat.e devra avoir des compétences en microbiologie, en expérience d’évolution dirigée, en analyse génomique bactérienne, de rédaction et de présentation des résultats Le, la candidat.e devra avoir des connaissances solides en microbiologie (culture bactérienne, détermination de CMI, CMBI) et analyse génomique bactérienne (annotation, comparaison génomique) SAVOIR-FAIRE Le, la candidat.e devra savoir mettre en œuvre des cultures bactériennes en planctonique et biofilm ; Savoir déterminer la CMI et la CMBI d’un antibiotique; Savoir utiliser Galaxy pour l’analyse des génomes. APTITUDES * Autonomie et esprit d'initiative * Rigueur * Organisation * Dynamisme et curiosité * Capacité à travailler en équipe