Mission : Le projet ANR POPS (ANR-24-CE44-1190) vise à élucider les mécanismes fondamentaux reliant le métabolisme des polyamines à la virulence bactérienne, en s'appuyant sur des approches expérimentales et computationnelles multi-omiques. Dans ce cadre, l'HolobiomicsLab, dirigé par le Dr Louis-Félix Nothias à l'Institut de Chimie de Nice (ICN), développera des méthodes avancées de métabolomique afin de comprendre comment les polyamines influencent la physiologie de Staphylococcus aureus. Ce travail sera mené en étroite collaboration avec les autres partenaires du projet. Le chercheur postdoctoral (H/F) recruté travaillera sur le développement et l'application de nouvelles méthodes analytiques en spectrométrie de masse métabolomique, avec pour objectif d'améliorer l'annotation des métabolites et l'exploitation des données multi-omiques. Cela impliquera la mise en place et l'optimisation de protocoles analytiques avancés, combinant spectrométrie de masse haute résolution multi-niveaux et chromatographie liquide, afin d'améliorer la détection et l'annotation des métabolites issus de cultures de micro-organismes. L'accent sera mis sur l'évaluation de stratégies analytiques innovantes, incluant : - Préparation semi-automatisée des échantillons pour améliorer la reproductibilité et la sensibilité des analyses. - Développement de méthodes chromatographiques en ligne de pré-enrichissement, afin d'augmenter la détection de certaines classes de métabolites. - Optimisation des séparations chromatographiques Ces méthodes permettront d'élargir la couverture métabolomique et d'améliorer la caractérisation des composés d'intérêt. Le postdoctorant (H/F) sera également en charge du traitement, de l'annotation et de l'interprétation des données métabolomiques, ainsi que de leur intégration avec les analyses protéomiques et transcriptomiques, afin de caractériser la réponse de Staphylococcus aureus aux polyamines. Ce travail s'effectuera en synergie avec le projet franco-suisse MetaboLinkAI, qui développe une intelligence artificielle dédiée à l'analyse des données métabolomiques. Ce poste offre un environnement de recherche de haut niveau, avec un accès à des infrastructures de pointe, et une interaction directe avec des chercheurs en spectrométrie de masse, chimie analytique, microbiologie et intelligence artificielle. Activités : 1. Développement méthodologique en métabolomique analytique - Concevoir et mettre en place des protocoles semi-automatisés d'extraction et de pré-traitement des échantillons issus de cultures de micro-organismes afin d'améliorer la reproductibilité et la sensibilité analytique. - Développer et optimiser des protocoles chromatographiques avancés pour une meilleure séparation et couverture métabolomique, en intégrant : - Chromatographie d'exclusion stérique (SEC) - Chromatographie mixte de polarité (MMPC) - Chromatographie en phase inverse (RP-LC) - Développer des méthodes de pré-enrichissement chromatographique en ligne (solid-phase extraction) afin d'augmenter la détection et la quantification des métabolites microbiens. - Réaliser les acquisitions avancées de spectrométrie de masse haute résolution multi-niveaux (MS/MS et MSn) sur les échantillons de l'étude. 2. Déploiement et validation expérimentale - Appliquer et valider les méthodologies développées sur des échantillons microbiens, en lien avec les objectifs du projet ANR POPS. - Optimiser l'acquisition des données sur spectromètres de masse haute résolution et multi-niveaux pour améliorer la détection, l'annotation et la quantification des métabolites. 3. Analyse de données et intégration multi-omique - Traiter et annoter les données de spectrométrie de masse en exploitant des outils computationnels adaptés. - Intégrer les résultats métabolomiques avec les données protéomiques et transcriptomiques afin d'analyser les interactions métaboliques de Staphylococcus aureus et sa réponse aux polyamines. 4. Valorisation scientifique et collaborations - Publier les résultats obtenus dans des revues scientifiques à comité de lecture et présenter les avancées lors de conférences internationales. - Collaborer avec les partenaires du projet ANR POPS ainsi qu'avec les autres initiatives du laboratoire, notamment MetaboLinkAI et d'autres projets à l'intersection de la métabolomique expérimentale, computationnelle et de l'intelligence artificielle. - Assurer l'adhésion aux principes F.A.I.R., en mettant en libre accès les méthodologies développées et en standardisant les workflows analytiques. - Participer à l'encadrement et à la formation d'étudiants et jeunes chercheurs