Mission : L'objectif principal est d'appuyer une équipe de recherche dans l'exploitation des données génétiques issues d'archives paléoécologiques (carottes de glace, sédiments) pour étudier la relation historique entre pollution métallique et résistance aux antibiotiques. En reconstituant les réponses microbiennes aux changements géochimiques passés, nous visons à identifier les mécanismes évolutifs de dissémination des gènes de résistance (ARG) afin d'éclairer les stratégies de réduction des risques environnementaux Activités : 1. Développer et optimiser des pipelines bioinformatiques pour l'analyse métagénomique d'ADN environnemental ancien et moderne (carottes de glace/sédiments), en se concentrant sur : - La détection et l'annotation des ARGs, HMRGs et éléments génétiques mobiles (MGEs). - Le profilage taxonomique et les études d'association de gènes fonctionnels. - L'analyse en série temporelle de la dynamique des gènes de résistance. 2. Concevoir et implémenter des interfaces serveur pour simplifier le traitement, le stockage et la visualisation des données pour des équipes interdisciplinaires (microbiologistes, géochimistes, modélisateurs). 3. Garantir la reproductibilité et l'évolutivité des workflows 4. Collaborer étroitement avec les membres du projet pour valider les pipelines et interpréter les résultats en vue de publications.