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Post-Doctorat en Épidémiologie Spatiale et Phylodynamique F/H - Conception, recherche (H/F) 17 - LA TREMBLADE
Offre n° 5608085
Post-Doctorat en Épidémiologie Spatiale et Phylodynamique F/H - Conception, recherche (H/F)
17 - LA TREMBLADE - Localiser avec Mappy
Publié le 10 octobre 2024
Descriptif du poste: Date limite de réception des candidatures : 30 octobre 2024 Missions principales : Le poste de post-doctorat est financé par un projet ANR JCJC nommé IDEAL. Vous travaillerez sur la quantification de la contribution des analyses génomiques à la compréhension de la propagation des agents pathogènes marins et à l'identification des facteurs déterminants. Vous serez spécialisé.e en épidémiologie spatiale et moléculaire et viserez à explorer des scénarios contrastés pertinents pour comparer et intégrer des modèles spatio-statistiques et phylogéographiques afin de détecter l'impact des facteurs sur la distribution spatiale et la propagation des agents pathogènes. Activités principales : - Développer un pipeline de simulation en utilisant un simulateur de chaîne de transmission existant pour simuler des épidémies entières de bivalves marins d'élevage dans l'espace et le temps, puis générer ultérieurement des données d'occurrence et des données moléculaires fictives, compatibles avec des jeux de données réels. - Comparer à la fois des analyses spatio-statistiques et phylogéographiques pour évaluer dans quelle mesure et dans quelles conditions spécifiques les différentes méthodologies analytiques permettent d'identifier et de quantifier l'impact de facteurs sur la distribution et la dispersion des organismes pathogènes. Trois aspects recevront une attention particulière : i) les paramètres épidémiologiques impactés ; ii) les conditions de suivi et de diagnostic ; et iii) les taux d'évolution des pathogènes. Les données simulées dans le cadre des différents scénarios identifiés seront utilisées pour évaluer et comparer les méthodes disponibles pour tester l'impact des facteurs sur la propagation des pathogènes. Vous serez chargé.e de diriger la publication des résultats de ces recherches. Champ relationnel : - En interne : Vous serez supervisé.e par le coordinateur du projet Maude Jacquot (IFREMER, ASIM), chercheur en épidémiologie moléculaire, et travaillerez en étroite collaboration avec les partenaires du projet à l'IFREMER (ASIM, LPI, SeBiMER). - En externe : Vous serez également co-supervisé.e par Simon Dellicour du Laboratoire d'Epidémiologie Spatiale (SpELL) hébergé à l'Université Libre de Bruxelles (ULB, Belgique), qui est un expert en développements méthodologiques et applications en phylogéographie du paysage. Des réunions régulières à distance avec S. Dellicour seront organisées, et vous lui rendrez visite au SpELL au moins deux fois au cours son contrat. Profil recherché: Doctorat en épidémiologie spatiale ou moléculaire, biologie computationnelle, bio-informatique obtenu depuis 3 ans maximum Compétences techniques / métiers : - Connaissance de l'épidémiologie spatiale et moléculaire - Maîtrise des outils bio-statistiques et des langages de programmation (R, Python, Shell Linux) - Maîtrise des concepts et des outils pour caractériser la diversité génomique et l'évolution spatio-temporelle des organismes pathogènes - Compréhension des différentes approches de génotypage moléculaire et de séquençage à haut débit, ainsi que de leurs applications potentielles dans la recherche sur la santé des populations - Maîtrise de la langue anglaise - Compétences en coordination de projets - Solides compétences en rédaction Qualités personnelles : - Autonomie et rigueur - Curiosité - Capacité à travailler en équipe - Capacité de synthèse
- Type de contrat
-
Contrat à durée déterminée - 18 Mois
Contrat travail - Salaire
- Salaire brut : 37 - 43 k€ brut annuel
Profil souhaité
Expérience
- Débutant accepté
Informations complémentaires
- Qualification : Cadre
- Secteur d'activité : Recherche-développement en autres sciences physiques et naturelles
Entreprise
IFREMER
L Ifremer Reconnu dans le monde entier comme l un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l Ifremer s inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectue...
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