Mission : Développer de nouveaux pipelines d'analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore et traiter les données de séquençage à haut débit produites par la plateforme GenomiqueENS. Activités : En vue de renforcer son activité de recherche et développement en séquençage à haut débit lectures longues et cellule unique, la plateforme GenomiqueENS de l'Institut de Biologie de l'École normale supérieure (IBENS, Paris 5ᵉ) recherche un·e ingénieur·e en bioinformatique pour un contrat de 12 mois pour améliorer la qualité de nos prestations et permettre l'analyse des données d'un plus grand nombre de projets. Dans ce cadre : - Vous aurez en charge le développement de pipelines pour l'analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore adaptés aux prestations de la plateforme de génomique ; - Vous mettrez en place des protocoles d'analyse tertiaire (GeneOntology, GSEA.) pour des données RNA-seq bulk et single-cell ; - Vous participerez à l'analyse des projets (lectures courtes et longues) qui nous sont confiés dans le cadre de notre activité de prestation (RNA-seq et scRNA-seq) de recherche en collaboration avec les chercheurs ; - Vous évaluerez des outils IA pour l'annotation structurale de génomes mal ou peu annotés ; - Vous participerez à l'organisation de formations en bioinformatique sur le séquençage de données nanopore et lors de l'école EBAII « Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit » ; - Vous contribuerez à la veille scientifique dans le domaine des outils d'analyses des résultats de séquençage de lectures longues ; - Enfin, vous participerez et présenterez les avancements de vos projets lors de réunions mensuelles internes à la plateforme, de séminaires ou de congrès.