Date de clôture de réception de candidatures : 19/05/2025 Qui sommes-nous ? Au sein de l'unité MASAE (Microbiologie, Aliment, Santé, Environnement), le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM) développe des activités de recherche relatives aux micro-organismes pathogènes pour l'homme (essentiellement virus et bactéries) dans le continuum terre-mer et les coquillages, pour en comprendre les mécanismes de transfert, persistance, ou émergence au sein de l'environnement littoral. Notre recherche, située à l'interface de la santé humaine et de la qualité microbiologique du littoral, s'appuie sur nos activités de Laboratoire National de Référence pour la microbiologie des coquillages, et de surveillance de la qualité sanitaire du littoral (le LSEM coordonne le REMI, réseau pour la surveillance microbiologique des zones de production de coquillages). L'équipe de virologie est notamment impliquée dans la plate-forme d'épidémiologie dans les eaux usées, Obepine+, et coordonne le projet européen PREVIR, pour le développement d'un outil de prédiction de la contamination des bassins versants par les virus. Quel est le sujet de la thèse ? La contamination des coquillages par des agents pathogènes humains pose des défis en matière de santé publique et d'économie, car elle reste à l'origine d'infections alimentaires. Les coquillages, notamment les huîtres, se contaminent par filtration dans des eaux côtières polluées par les eaux usées, et retiennent des virus comme les norovirus (NoV) et potentiellement les sapovirus (SaV). Alors que le NoV est une cause majeure de gastro-entérite, le SaV est moins étudié, soulevant des questions sur sa prévalence et son impact. Ce projet vise à étudier la prévalence, la diversité et la persistance des SaV dans les environnements côtiers et les huîtres. Des échantillons d'huîtres, d'eau estuarienne et d'eaux usées seront prélevés pour y quantifier le SaV par RT-PCR digitale et y séquencer ses différents génotypes par métagénomique. Des huîtres seront également contaminées artificiellement pour étudier l'accumulation et la localisation des virus dans leurs tissus, et la persistance du SaV infectieux dans l'eau de mer et l'huître sera évaluée sur des cellules humaines en culture afin d'apporter d'importantes données sur le risque sanitaire posé par ce virus. Quelle sera votre mission ? La thèse est une formation par et pour la recherche. Sous la direction de la directrice de thèse et de la co-encadrante, votre mission sera de concevoir, mettre en œuvre et analyser de manière critique les résultats d'expérimentations pour répondre aux questions posées dans le cadre de cette thèse. Vous vous formerez aux métiers de la recherche par la pratique d'expérimentations, la veille bibliographique, l'analyse et la présentation de vos résultats, la rédaction de publications. Vous serez intégré à l'équipe et participerez à la vie du laboratoire LSEM et de l'unité MASAE. En externe, vous serez amené à participer à des réunions en distanciel avec les collaborateurs du projet (équipe japonaise).  Quelles seront vos activités ? - Veille bibliographique - Mise au point de techniques de biologie moléculaire (PCR digitale, séquençage ciblé) - Conduite d'expérimentations en biologie moléculaire, culture cellulaire, virologie,. - Analyses d'échantillons d'eaux usées et coquillages collectés dans le cadre de précédents projets - Echantillonnages sur le terrain littoral - Analyse des données (bioinformatique, biostatistique) - Rédaction du mémoire de thèse - Rédaction d'articles scientifiques en anglais - Participation à des colloques et congrès - Participation à des formations de l'école doctorale ou internes à l'Ifremer Comment se déroulera votre activité ? - Taux d'activité de 100% - Télétravail occasionnel possible, en fonction des expérimentations - Poste situé à Nantes - Déplacements ponctuels pour échantillonnage sur le littoral - Déplacements ponctuels pour participation à des colloques ou congrès Mots clés Sapovirus - norovirus - qualité des coquillages - sécurité alimentaire Qui êtes-vous ? Master 2 (ou équivalent) en virologie ou à défaut, interactions hôtes-pathogènes, microbiologie clinique, microbiologie des aliments Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes : - Connaissances théoriques solides en microbiologie, notamment virologie - Expérience en laboratoire de recherche  - Compétences en culture de cellules mammifères et en virologie (titration, production virale) - Compétences en biologie moléculaire (extraction d'acides nucléiques, PCR, séquençage)  - Des compétences en bioinformatique et/ou biostatistiques seraient un plus