Référence CSP: APHP_2025-19115  ● Missions principales: 1.  Développement de pipelines bio-informatiques ·       Développer, optimiser et maintenir des workflows analytiques pour l’étude génomique de phages et de bactéries. ·       Annotation, identification des récepteurs et des systèmes de défense, typage et analyse comparative. 2.  Analyse de données et modélisation ·       Réaliser des analyses statistiques inférentielles sur des jeux de données complexes. ·       Développer des modèles d’apprentissage automatique (random forest, régression, XGBoost). ·       Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses. 3.  Intégration et gestion des données ·       Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données. ·       Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats. 4.  Interaction avec l’équipe expérimentale ·       Intégration des données issues de plaques assays et courbes de croissance. ·       Participation à la conception des méthodes expérimentales. Contexte scientifique Ce poste s’inscrit dans un projet de recherche visant à quantifier les déterminants moléculaires qui régissent les interactions phage–bactérie dans un contexte infectieux. Le projet explorera notamment : ·       les récepteurs bactériens aux bactériophages, ·       les protéines phagiques de liaison aux récepteurs (RBP), ·       les systèmes de défense bactériens, ·       les systèmes d’anti-défense phagiques, ·       l’influence de la régulation de l’expression génique sur les dynamiques d’interaction. L’objectif final est de développer des modèles prédictifs permettant d’estimer l’efficacité d’un phage lytique donné contre une souche bactérienne, à partir des seules données génomiques. Ce travail contribue directement au développement d’une approche de phagothérapie personnalisée.