RESPONSABILITÉS : Au sein de l'OSU Institut Pythéas, L'UMR 1467 RECOVER AMU-INRAE étudie les interactions et les couplages entre les systèmes naturels et anthropiques et développe des approches transversales pour la gestion des risques, notamment en écologie thermique des milieux aquatiques continentaux. Dans ce cadre, elle développe une thématique écogénomique au sein de l'équipe FRESHCO. Les recherches menées visent à comprendre les contraintes évolutives sur l'écologie des espèces aquatiques, en particulier en lien avec le changement climatique. L'ingénieur rejoindra une équipe pluri-disciplinaire composée d'écologues, généticiens et bio-statisticiens et exercera exercera dans le cadre de la thématique écogénomique. Il aura pour mission principale la responsabilité du suivi de la génération et du contrôle qualité des données NGS du laboratoire, de la veille technologique et du développement bioinformatique de pipelines. Activités principales : • Gérer les données brutes issues du séquençage nouvelle génération (NGS) des machines Illumina NovaSeq / MiSeq et GridION/PromethION • Assurer une veille technologique des méthodologies liées aux données de séquençage • Participer à l'intégration et à la validation de nouveaux protocoles de traitements de données de séquençage, incluant le suivi qualité • Rédiger les documentations d'utilisation des suites logicielles et en formant les utilisateurs • Développer de nouvelles suites logicielles dédiées à l'analyse de données de séquençage • Participer activement à l'évolution des pipelines d'analyse qualité des données NGS Positionnement hiérarchique : La personne recrutée sera intégrée au sein de l'équipe FRESHCO de l'UMR, implantée sur les sites du Tholonet et de St Charles. Elle sera sous la responsabilité du responsable de l'équipe FRESHCO et sera affectée à la thématique écogénomique portée par les enseignant-chercheurs AMU du site St-Charles. PROFIL RECHERCHÉ : Vous avez connaissance des enjeux biologiques associés à l'analyse de données génomiques. Vous savez échanger et collaborer avec des personnes aux profils scientifiques différents, et vous adapter au sein d'une équipe pluridisciplinaire. Enfin, vous avez les compétences techniques suivantes : • Connaissance approfondie des langages Python, Perl, shell, R • Utilisation avancée de Bases de données : MySQL, PostgreSQL • Savoir utiliser et développer un pipeline bioinformatique pour construire un transcriptome de novo sur une espèce non modèle. • Savoir utiliser et développer un pipeline bioinformatique pour acquérir des données génomiques issues de méthodes à hauts débits Un processus de recrutement fluide et transparent : À réception de votre candidature, deux étapes : un échange téléphonique personnalisé avec les candidats sélectionnés, et un entretien avec les responsables de notre structure. En cas de réussite, nous mettrons tout en œuvre pour confirmer votre recrutement rapidement. À votre arrivée, vous bénéficiez d'un parcours d'accueil et d'intégration, ainsi que de formations adaptées à vos besoins pour favoriser votre développement professionnel. Rejoindre AMU, c'est bénéficier d'un environnement de travail socialement engagé : - Selon le cadre de la structure, une flexibilité dans l'organisation de la semaine de travail est possible : deux dispositifs ouverts dès 2 mois d'ancienneté en accord avec le manager : Le télétravail et la semaine en 4j ou 4,5j - Un équilibre des temps de vie : bénéficiez jusqu'à 50 jours de congés dès la première année, puis 58 jours après un an (varie selon l'organisation choisie et le temps de travail) - Une prime mensuelle et annuelle dès 12 mois d'ancienneté pour les agents non titulaires et application du RIFSEEP pour les titulaires - Un accompagnement personnalisé pour les personnels en situation de handicap - La prise en charge des transports en commun à hauteur de 75% compatible avec un forfait mobilité durable - La possibilité d'une place de parking ou d'un forfait mobilité durable pour l'utilisation de cycles sur les trajets domicile-travail - Un accès à des prestations dans différents domaines : loisir, sport, culture et social