RESPONSABILITÉS : Présentation de l'unité de recherche : Le poste est à pourvoir dans les unités de recherche UMR Dynamicure et UR 4651 ABTE de l'Université de Caen Normandie L'équipe de l'UMR Dynamicure est composée d'enseignants chercheurs hospitalo-universitaires de Caen et de Rouen exerçant dans des disciplines liées à l'infectiologie et à l'étude des agents pathogènes. L'unité de recherche ABTE a été créée en 2012 sous la double tutelle des universités de Caen et de Rouen. Son programme scientifique porte sur la qualité des aliments et des environnements et leurs impacts sur la santé humaine. Positionnement hiérarchique : DESMASURES Nathalie / ISNARD Christophe Missions principales du poste : Expérimentation et analyses de données génomiques et transcriptomiques de souches de Escherichia coli STEC dans le cadre du projet EFFAS. « EFFAS - Caractérisation génomique et phénotypique de souches d' Escherichia coli STEC et évaluation de leur sensibilité aux stress pour le développement de ferments bioprotecteurs en filière fromagère AOP au lait cru ». Activités et tâches du poste : - Se former et s'habiliter à la manipulation de microorganismes de niveau de sécurité 3, - Se former et s'habiliter à la manipulation en laboratoire de niveau de sécurité P3, - Contribuer à l'analyse génomique d'une collection de 50 souches STEC, - Extraire des ARN de cultures bactériennes en conditions de stress définies, préparer et expédier les échantillons pour le séquençage des ARN, - Collecter, traiter et analyser les données de transcriptomique après séquençage avec l'aide d'un enseignant-chercheur, - Contribuer au fonctionnement collectif des laboratoires d'accueil (Dynamicure et ABTE équipe MALIM) PROFIL RECHERCHÉ : Catégorie d'emploi : A Diplôme minimal requis : BAC + 5 en Microbiologie ou équivalent Compétences requises : Compétences principales : - réaliser des expérimentations de microbiologie et biologie moléculaire, - analyser des données génomiques et transcriptomiques, - rédiger des rapports d'essai et des publications Connaissances : - bactériologie générale, - bactériologie clinique et/ou alimentaire, - génomique, - transcriptomique, - bonnes pratiques de laboratoire Compétences opérationnelles : - manipulateur/trice expérimenté.e en microbiologie classique (cultures, isolements, etc.), - manipulation des microorganismes de niveau de sécurité 2, - biologie moléculaire (extraction d'acides nucléiques), - usage d'outils de bioinformatique, - maîtrise de la communication écrite en anglais scientifique Compétences comportementales : - autonomie, - rigueur, - aptitude au travail en équipe Conditions de recrutement : Recrutement sur contrat de recherche, sous réserve de la disponibilité du financement. Poste à temps complet, ouvert uniquement aux contractuels (CDD). Rémunération statutaire et appréciée en fonction de l'expérience professionnelle. A compétences égales, priorité aux travailleurs handicapés et autres bénéficiaires de l'obligation d'emploi. Poste à pourvoir : à partir de décembre 2026 jusqu'au 29/02/2028 Date limite de candidature : avant le 24.10.2026 - une lettre de motivation - un curriculum vitae