Descriptif du poste: La prestation consiste à réaliser le support en bio-informatique en relation avec les activités du département des Sciences Analytiques. Cela comprend la participation à la définition des stratégies d'analyse, la mise en place des outils et pipelines, la réalisation des analyses, la validation d'analyses, l'accompagnement des utilisateurs et la rédaction des instructions pour : * L'agrégation de pipelines d'analyses existants pour la détermination de l'identité et le séquençage de plasmides à partir des données de génomique ; * L'identification des micro-organismes utilisés dans les procédés de fabrication à partir de données de séquençage à haut débit ; * La maintenance des pipelines d'analyse existants ; * L'accompagnement ou le transfert des pipelines développés aux seins d'autre équipes.   Les principales activités sont détaillées ci-dessous : * Participer à la mise en place dans un environnement cloud d'une plateforme de stockage des pipelines d'analyse bio-informatiques ainsi que des solutions de calcul computationnel nécessaires au service ; * Mettre en place les pipelines d'analyses bio-informatiques sous Snakemake pour l'analyse des données issues de plateforme HTS (Illumina et Oxford Nanopore) pour une analyse simplifiée par les techniciens de laboratoire ; * Réaliser le criblage et l'évaluation des différents outils d'analyse à partir de jeux de données de séquençage existants ; * Aider dans la gestion des données de séquençage ; * Mettre à jour les instructions d'utilisation des pipelines d'analyse ; * Assurer la formation des équipes de techniciens de laboratoire ; * Participer à la qualification des équipements lié au séquençage et des méthodes analytiques sur la partie bio-informatique (rédaction de protocole, réalisation des analyses, rédaction de rapport et analyse de risque) ; * Assurer l'analyse des lots GMP et non GMP. Profil recherché: * Diplome : Ingénieur / Master  * HTS (High-Throughput Sequencing) : Maîtrise des outils de QC, Trimming,   * Expérience en Cloud computing et/ou calcul GPU.Analyse Prédictive : Annotation de génome, analyse structurale computationnelle, etc. * Maîtrise des environnements Unix/Linux (bash).Scripting/Workflow : Maîtrise d'un langage de scripting (Snakemake, Python, R, Rust, bash...). * Connaissance des outils de visualisation (IGV/jBrowse) ou d'analyse (CLCGenomicsWorkbench/Geneious). * Langue : Avoir un bon niveau d'anglais . * Connaissance de la Génomique bactérienne ou de la transcription des cellules eucaryotes.