Mission : La personne sélectionnée jouera un rôle central dans le projet AQUAPAT. Ce projet vise à développer des outils opérationnels utilisant de nouvelles technologies moléculaires pour réaliser une surveillance simultanée et précise des pathogènes et de leurs hôtes compétents. Il prévoit également la réalisation d'une cartographie fine des zones critiques où les conditions environnementales locales favorisent l'émergence des pathogènes. En adoptant une approche proactive et holistique, le projet vise à améliorer la surveillance, le diagnostic et la gestion des maladies infectieuses, en fournissant des solutions concrètes et efficaces pour répondre aux défis posés par les pathogènes dans les écosystèmes aquatiques. Le projet se structure autour de 2 axes : i) Développement de nouveaux outils basés sur l'ADNe/ARNe et la dPCR pour améliorer la surveillance des pathogènes d'eau douce ii) Etude du pathogène émergent Tetracapsuloides bryosalmonae, agent de la PKD, développement de marqueurs moléculaires et utilisation du métabarcoding pour caractériser le complexe d'espèces hôtes Bryozoaires Activités : -Travail terrain : échantillonnage en milieu aquatique, prélèvements ADNe/ARNe -Extractions ADN/ARN -PCRs digitales / métabarcoding par PCR pour séquençage Illumina -Mise au point ou ajustement de protocoles existants