[81308] Centre Hospitalier Universitaire d'Angers La personne recrutée aura la charge de l’analyse bioinformatique des données de séquençage nouvelle génération (NGS) réalisées en génétique des cancers avec une activité partagée entre le laboratoire d’Hématologie (50%) et le Département de Pathologie (50%).Cette activité comprendra : - La maintenance, la mise à jour et le développement des outils bioinformatiques et pipelines d'analyse permettant d’exploiter les données NGS : recherche de mutations somatiques, insertions/délétions, nombre de copies sur panels et exomes, fusions d’ARN (panel ARN et WTS) et méthylation (puces Infinium), - Accompagner les analyses de routine et leur rendu en interaction avec les ingénieurs et les médecins/biologistes des services, - Améliorer les performances analytiques et matérielles des outils et pipelines déjà mis en place dans les laboratoires dans le cadre de la démarche qualité (Accréditation ISO15189 en cours) - Gérer l’infrastructure informatique associée aux séquenceurs NGS et l’archivage des données en relation avec les autres bioinformaticiens du pôle de Biologie et le service informatique du CHU. La personne recrutée évoluera dans une équipe dynamique et pluridisciplinaire. Elle sera facilement en contact avec les autres ingénieurs bioinformaticiens du site. Le pôle de Biologie du CHU d’Angers porte un projet fédérateur de Génomique avec, entre autres, comme objectif le recrutement d’un deuxième bioinformaticien temps plein qui sera partagé entre le laboratoire d’Hématologie (50%) et le Département de Pathologie (50%). L’objectif est à long terme la constitution d’une équipe de bio-informaticiens dans les secteurs de génétique somatique et constitutionnelle travaillant en collaboration pour une mutualisation des connaissances et un partage des compétences. Le laboratoire d’Hématologie et le Département de Pathologie développent des projets de recherche fondamentale et translationnelle au sein de l’unité INSERM CRCI2NA présente dans le bâtiment IBS (https://urlz.fr/hFuY) et le(la) candidat(e) pourra participer aux activités de recherche. Qualités requises : - Intérêt pour la biologie et les sciences médicales - Capacité à travailler en équipe et à interagir dans un environnement pluridisciplinaire : qualités relationnelles, d’écoute et de communication requises - Rigueur et adaptabilité - Dynamisme, autonomie, capacité organisationnelle Description du profil recherché: Niveau Bac +5 Formation en bio-informatique Une première expérience en analyse de données NGS humain est souhaitable Connaitre les principales technologies de séquençage haut débit - Maitriser des concepts et outils bioinformatiques pour le traitement des données NGS (recherche de variants y compris faible variant et UMI, CNV, RNA-fusion…) - Maitriser les systèmes d'exploitation et les environnements Linux et Windows - Maitriser les langages de programmation : BASH, Python, Json et R - Posséder de bonnes pratiques de développement informatique (Git) - Connaissance en système de gestion de bases de données (SQL) - Connaissances complémentaires dans l’informatique (réseau, serveur, sécurité…) - Compétences en anglais scientifique Période de la journée : Jour