Mission : Le candidat / la candidate intégrera une équipe de recherche spécialisée dans l'étude des mécanismes épigénétiques et transcriptionnels chez les Drosophile. Le projet vise à caractériser l'organisation chromatinienne et l'expression génique lors du développement des ailes de pupe, en combinant des approches de séquençage haut débit (ATAC-seq, Cut&Run, RNA-seq) et d'imagerie (DNA FISH, microscopie confocale). 1. Analyse de la structure chromatinienne et de l'accessibilité génomique : o Réaliser des expériences d'ATAC-seq et de Cut&Run sur des ailes entières de pupe de drosophile pour cartographier les régions régulatrices et les modifications d'histones. o Préparer des échantillons pour le séquençage et analyser les données en collaboration avec les bioinformaticiens du projet. 2. Caractérisation de l'expression génique à l'échelle de la cellule unique : o Isoler des cellules uniques à partir d'ailes pupales pour la préparation de banques RNA-seq et ATAC-seq. o Participer à l'analyse des données de séquençage pour identifier les profils d'expression et d'accessibilité chromatinienne. 3. Visualisation de l'organisation spatiale du génome : o Mettre en œuvre des protocoles de DNA FISH pour marquer des séquences d'intérêt proches dans les noyaux des cellules d'ailes pupales. o Acquérir des images en microscopie confocale et quantifier les distances physiques entre les séquences cibles. Activités : Préparation des échantillons - Sexage et dissection d'ailes de pupes de drosophile à différents stades et fixation des tissus. - Préparation de noyaux ou de cellules uniques pour les expériences de séquençage. - Optimisation des protocoles de Cut&Run et ATAC-seq. Expérimentations - Réalisation des expériences de Cut&Run, ATAC-seq, RNA-seq et ATAC-seq sur ailes entières et cellules isolées . - Préparation des sondes et hybridation pour le DNA FISH. - Acquisition d'images en microscopie confocale. Gestion de projet - Rédaction de protocoles et de rapports techniques. - Participation aux réunions d'équipe et présentation des résultats, formation des étudiants aux techniques utilisées. - Veille scientifique sur les méthodes émergentes.