Mission : L'ingénieur sera responsable de la conception et de la mise en œuvre de pipelines avancés d'analyse d'imagerie cellulaire adaptés aux données de microscopie à fluorescence 2D ainsi que des données omiques.. Activités : - Développement d'algorithmes de segmentation pour les structures cellulaires et sous-cellulaires en utilisant des outils tels que StarDist et SAM. - Construction de flux de travail pour l'extraction de caractéristiques intégrant des techniques classiques de traitement d'images (par exemple, PyRadiomics) avec des modèles d'apprentissage profond (par exemple, DINOv2 et Multiencoder Variational Autoencoders). - Réalisation de profilages phénotypiques des cellules pour identifier les changements morphologiques en réponse à différentes conditions expérimentales.. - Collaboration avec des biologistes et des data scientists pour corréler les caractéristiques d'imagerie avec les fonctions biologiques et les résultats cliniques. - Analyse et intégration des données omiques pour l'interprétation des phénotypes par des méthodes telles que les autoencodeurs.