L'unité ASIM (Adaptation et Santé des Invertébrés Marins), localisée à La Tremblade, en Charente Maritime, centre ses objectifs sur l'acquisition de connaissances et la proposition de solutions dans le domaine de la santé et l'adaptation des invertébrés marins, en particulier des mollusques bivalves. Les axes de recherche de l'unité portent sur la diversité et les interactions de ces espèces et des organismes pathogènes associés afin d'anticiper leur émergence dans un contexte de changement global. L'unité ASIM est un lieu d'intégration forte entre des activités de recherche et de surveillance/référence grâce une expertise reconnue internationalement. L'unité est le Laboratoire National de Référence (LNR) et Laboratoire de Référence de l'Union Européenne (LRUE) pour les maladies des mollusques marins. L'unité ASIM a un accès privilégié à la plateforme des mollusques marins (PMM-LT), dont un laboratoire A2 permettant la réalisation d'essais expérimentaux. Quelles seront-vos missions ? Vous exercerez au sein de l'unité ASIM, sous l'autorité de la responsable d'unité et avec l'encadrement des chercheurs de l'unité. Ce poste s'inscrit dans le cadre du projet GoodVibe (Genetic Of Oyster Disease VIBriosis and Environment) qui porte sur l'amélioration des programmes de sélection sur l'huître creuse Crassostrea gigas pour la résistance aux mortalités dues à la bactérie Vibrio aestuarianus. Ce projet a pour objectif d'étudier les facteurs d'interactions entre la résistance aux épisodes de mortalités sur les sites d'élevage, l'âge des animaux et le parcours zootechnique pour optimiser les schémas de sélection. Pour cela, des animaux sains et moribonds ont été échantillonnés dans différentes conditions de terrain. Dans ce contexte, vous participerez à l'extraction de l'ADN des huîtres et à la réalisation de PCR ciblées pour conduire une approche de métabarcoding 16S, ainsi que d'un marqueur spécifique de Vibrio, afin de caractériser finement les communautés bactériennes de chaque individu. Ce travail sera complété par une analyse de métagénomique totale sur un sousensemble d'animaux, permettant la reconstruction de génomes bactériens (MAG) et l'identification de voies métaboliques d'intérêt. L'ensemble des données produites servira à établir les profils microbiens associés à chaque lot, à les relier aux génotypes des huîtres et à identifier les signatures microbiennes impliquées dans la résistance ou la sensibilité à Vibrio aestuarianus. Quelles seront vos activités ? Assurer la traçabilité et le stockage des échantillons Réaliser et optimiser l'extraction des ADN à partir des tissus collectés. Garantir la qualité et la quantité d'ADN nécessaires aux approches de séquençage Nanopore. Réaliser et optimiser les PCR pour les marqueurs 16S et spécifique Vibrio. Préparer les librairies de séquençage Nanopore (amplicon et métagénomique). Contrôler la bonne conduite des séquençages Nanopore. Participer aux analyses bioinformatiques et biostatistiques des données générées. Avec qui travaillerez-vous ? En interne : unité IHPE (Montpellier), SeBiMER (Brest) En externe : SYSAAF (Rennes)