Présentation INRAE L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l'animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. Environnement de travail, missions et activités Vous exercerez votre activité au sein de l'Unité mixte de recherche sur les Herbivores (UMRH). Cette Unité a pour mission de produire, intégrer et diffuser des connaissances, et partager l'expertise pour concevoir des systèmes d'élevage herbivores multi-performants répondant aux enjeux des changements globaux (environnementaux, socio-économiques et transition numérique). L'Unité compte 118 personnes titulaires et accueille chaque année 70 personnes non-permanentes. Elle est organisée en 4 équipes de recherche, une équipe de Direction et une équipe d'appui. Vous travaillerez au sein de l'équipe Dinamic qui a pour mission de comprendre les mécanismes digestifs et métaboliques contrôlant la nutrition des ruminants en intégrant plusieurs dimensions : efficacité d'utilisation des aliments, services/dys-services environnementaux (incluant les rejets de méthane entérique et d'azote), ainsi que le confort digestif et la qualité de produits. Dinamic contribue ainsi à la conception des systèmes d'alimentation des ruminants basés sur des ressources non comestibles par l'homme. Elle contribue également fortement au développement d'alternatives aux procédures invasives en expérimentation animale. Dans ce contexte de transition des élevages de ruminants vers des pratiques durables, l'avancée des connaissances sur le microbiome digestif du ruminant ouvre des perspectives nouvelles pour la compréhension du rôle fonctionnel de cet écosystème microbien dans différents phénotypes de l'animal : efficience d'utilisation des ressources, rejets dans l'environnement, robustesse et santé, et qualité des produits. Dans le cadre du projet Horizon 2020 HoloRuminant, votre mission consistera à mettre en œuvre, dans le cadre d'un protocole établi, les techniques de biologie moléculaire, microbiologie classique et biochimie pour la préparation, le traitement et les analyses sur les échantillons digestifs. Vous serez plus particulièrement en charge de : - assurer la réception, la préparation, le conditionnement et le stockage sécurisé des échantillons biologiques, en garantissant leur traçabilité et leur qualité tout au long du cycle de conservation ; compléter, vérifier et curer les fiches de métadonnées associées aux échantillons, dans le respect des principes FAIR afin de -favoriser la réutilisation et l'interopérabilité des données ; appliquer les techniques de biologie moléculaire pour analyser la biodiversité et les fonctions des communautés microbiennes complexes, et l'expression des gènes dans les tissus digestifs (extraction d'ADN, d'ARN, (q)PCR, 1er niveau d'analyse bio-informatique et statistique). Les échantillons seront issus d'expérimentations in vivo ; appliquer les techniques de microbiologie anaérobie classiques, culture anaérobie et de fermentations in vitro ; analyser des paramètres fermentaires (acides gras volatils, gaz (O2, H2, N, CH4 et CO2) par chromatographie, et ammoniaque par spectrophotométrie). Formation recommandée : biologie, sciences et techniques de laboratoire Connaissances souhaitées : biologie moléculaire (extraction d'ADN / ARN microbien; PCR / qPCR), culture microbiennes anaérobies , préparation de banques de séquençage, chromatographie.