Mission : L'IE rejoindra un projet ANR visant à mieux comprendre les processus de coalescence des communautés microbiennes dont formes pathogènes au sein de bassins-versants mixtes et urbains impactés par les pollutions agricoles et urbaines. Des travaux sur isolats bactériens en génomique comparative seront réalisés pour inférer des propriétés clés explicatives des biais de répartition des bactéries dont les capacités de dégradation de certains polluants Activités : (1) Collecte et traitement de prélèvements de terrain de stations expérimentales diverses dont OTHU incluant référencement, stockage, et préparation pour analyses microbiologiques et moléculaires ; participation à l'entretien des matériels de collecte et mesure de terrain (2) Préparation et réalisation de dénombrements d'indicateurs bactériens de la contamination fécale et d'espèces pathogènes opportunistes (prélèvements d'eau, sédiments et sols) (3) Extraction d'ADN / ARN de prélèvements environnementaux, analyses qPCR, RT-qPCR & PCR, analyse de génomes bactériens (4) expérimentations en culture cellulaire (5) Rédaction de bilans pour partenaires dont métropole de Lyon et OTHU+ dépôts de données dans archives nationales et internationales ; rapports en anglais présentant sous forme d'article les résultats obtenus dans le cadre des missions (6) Analyser et interpréter les résultats (7) veille bibliographique en lien avec le projet