Missions : Le CDD ingénieur d'étude sera associé à un projet qui vise à étudier, en interaction étroite avec des équipes de biologie expérimentale, les rôles et l'entrecroisement des systèmes de défense basés sur l'ARN dans les interactions entre la bactérie pathogène Clostridioides difficile et les phages. L'agent aura pour première mission de réaliser la modélisation des interactions protéine-ARN (et protéine-protéine) pertinentes dans le cadre de ce projet. L'agent aura également pour mission d'assister l'équipe pour la mise en forme et le stockage de ces données de modélisation, la maintenance des bases de données associées, l'adaptation des programmes informatiques nécessaires au déroulement du projet, et la diffusion et la valorisation des résultats obtenus sous la forme de code partagé, de bases de données ouvertes et de ressources (de type serveur web) disponibles sur internet pour la communauté. Les modèles mathématiques, les programmes informatiques à utiliser et la structure des outils seront définis à l'avance au sein de l'équipe. Activités : - Mettre en place et optimiser les procédures de recueil des données - Réaliser le traitement des données - Organiser la mise en forme, le stockage des données - Assurer la maintenance des bases de données créées - Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques - Adapter les applications informatiques aux besoins du projet - Gérer et maintenir des outils informatiques partagés - Conseiller et former aux techniques et outils développés - Appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l'éthique, les bonnes pratiques de programmation et de gestion des données - Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité Compétences: - Protocoles de modélisation et d'analyse structurale (connaissance approfondie) - Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie) - Biologie (connaissance générale) - Cadre légal et déontologique - Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues) Contexte de travail : L'ingénieur d'étude sera affecté dans l'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome » de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (UMR 9198 I2BC, CNRS/CEA/Université Paris-Saclay). L'I2BC est un institut de recherche de l'Université Paris-Saclay, constitué de 46 équipes. La recherche à l'I2BC couvre une variété de thématiques de biologie intégrative (biophysique, biochimie, biologie structurale, biologie des génomes, biologie cellulaire, microbiologie, virologie, bio-informatique). L'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome », rattachée au département de Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale, s'appuie sur un couplage fort entre approches bio-informatiques et expérimentales pour caractériser, prédire et inhiber les assemblages macromoléculaires. L'équipe est localisée sur le campus de Gif-sur-Yvette (à moins d'une heure du centre de Paris). L'IE travaillera directement avec une chercheuse de l'équipe. L'IE bénéficiera d'un environnement scientifique interdisciplinaire stimulant, de l'expertise de l'équipe et d'un accès aux moyens de calcul nécessaires pour mener à bien le projet.